Las comisiones más importantes en las hipotecas son las siguientes:

- La comision de apertura: Es el porcentaje que le cobra el banco al principio por el hecho de concederle la hipoteca, influye de manera notable sobre el coste real de la hipoteca y se incluye para calcular el TAE. Esta comision actualmente (julio 2004) no suele ser superior al 1% para una vivienda y puede variar sustancialmente entre un banco u otro.

- La comision por amortizacion anticipada: Es la comision que cobra el banco por anticipar cantidades, si por ejemplo hemos ahorrado 6.000 euros y queremos reducir de la hipoteca ese importe. Suele ser del 1% del capital que se amortiza, menos o incluso no cobrar nada el banco por anticipar capital, sobre todo en bancos de internet.

- La comision por Subrogación: Es la comision que cobra el banco generalmente si vendemos la vivienda y subrogamos la hipoteca también al comprador. También puede ser por subrogar nuestro prestamo a otra entidad bancaria que nos haga una oferta. Esta comisión también suele estar en torno del 1% aunque puede disminuir bastante con algunas entidades.

- La comision por cancelación del prestamo hipotecario. Suele ser similar a la de amortización anticipada. Se devenga si pagamos la totalidad del préstamo quedando cancelado el préstamo o transmitimos la vivienda y al comprador no le interesa quedarse con nuestra hipoteca subrogándose.